1. La salud en Colombia no está entendida en su sentido más amplio: Las EPS destinan menos de un 15% en programas de prevención y los médicos sólo pueden ordenar citas con especialistas una vez puedan demostrar que es necesario, además no existe ninguna articulación con programas de protección social o saneamiento básico.
2. Mercantilización de la salud: quien quiera acceder a la prestación del servicio de salud debe tener conocimientos, tiempo y capacidad de pago para cubrir los copagos, las cuotas moderadoras y en el caso del régimen contributivo estos y las cotizaciones mensuales (solo el nivel 1 de SISBEN, los indígenas y habitantes de la calle tienen subsidio total)
3. Intermediarios innecesarios y desviación de recursos: Las EPS son las entidades responsables de la afiliación, el registro y el recaudo de las cotizaciones de los afiliados y deben organizar y garantizar directa o indirectamente la prestación del plan de salud obligatorio, funciones que claramente deberían corresponder al gobierno y no a un intermediario que se define abiertamente como una empresa y que por tanto busca beneficiarse de la actividad que esta realizando, y lo han logrado, imponiéndose como las empresas mas rentables del país.
4. Colombia tiene los medicamentos más caros del mundo (Health Action Internacional): los médicos están obligados a preocuparse más por ajustarse a una lista y a un tiempo dejando en un segundo plano las necesidades del paciente.
6. El fenómeno de la clase media sin seguro médico: En Colombia existe un gran número de personas que no clasifican para ninguno de los dos regimenes, pues no son catalogados como pobres pero tampoco tienen la estabilidad económica para pagar una cotización mensual.
7. Cobertura vs Calidad: Para el 2009 la cobertura del sistema de salud superaba el 70% de la población, sin embargo según la Universidad de Antioquia disminuyeron las prestaciones recibidas y su calidad y se han transferido más costos al presupuesto familiar pues aunque estén dentro del sistema no pueden acceder a medicamentos y procedimientos que responden a su enfermedad pues el sistema no los suministra, prueba de esto es el gran número de acciones legales a las que los usuarios han tenido que acudir.
8. Incentivos a permanecer en el régimen subsidiado: El actual sistema impone muchas barreras al flujo entre regimenes, pues si una persona consigue trabajo debe trasladarse al Régimen Contributivo junto con toda su familia y así pierda el trabajo no puede regresar al régimen subsidiado en menos de tres meses y los tramites son algo complicados.
9. Itinerarios burocráticos, excesivos trámites como una barrera al acceso: Este sistema ha creado un modelo sistemático de negación de servicios justificado en el cumplimiento de las normas administrativas y más a fondo en la minimización de costos, lo que implica que para poder acceder a un servicio necesario se debe atravesar por un largo y complejo proceso que desincentiva a los usuarios que terminan desistiendo o implica consecuencias irreversibles en la salud y calidad de vida de la persona afectada, pues el tiempo en este tema es algo fundamental.
10. Crisis hospitalaria Las EPS han sido acusadas por tener un comportamiento demasiado agresivo en la negociación de las tarifas a las que los hospitales y clínicas (IPS) tienen derecho por ser las que en realidad incurren en gastos, pues son ellas las que prestan el servicio de salud, además las EPS, aunque son las que reciben el dinero del sistema de salud tienen una alta cartera vencida de más de 90 días a clínicas y hospitales.
